Nioh to długa i rozbudowana gra. W ramach wątku fabularnego przygotowano aż 20 misji, rozgrywających się w odmiennych obszarach Japonii. Pierwsze zadanie, którego akcja ma miejsce w Londynie, jest swoistym samouczkiem, mającym wyjaśnić wszystkie kluczowe elementy gry. Pozostałe wystawiają natomiast na próbę wszystkie zdobyte umiejętności.

Misje fabularne:

• Człowiek z duchem opiekuńczym (poziom 1);
• Wyspa Demonów (poziom 5);
• Głęboko w ciemności (poziom 12);
• Uśpiony kamień dusz (poziom 19);
• Upiory srebrnej kopalni (poziom 27);
• Ocean znów ryczy (poziom 38);
• Zamek Pajęcze Gniazdo (poziom 47);
• Padający śnieg (poziom 55);
• Demon z góry Hiei (poziom 62);
• Ucieczka z Igi (poziom 70);
• Wspomnienia lilii śmierci (poziom 78);
• Waga świata
• Splugawiony zamek (poziom 87);
• Nieśmiertelny płomień (poziom 96);
• Sekigahara (poziom 103);
• Źródło zła (poziom 111);
• Splugawiona Święta Góra (poziom 120);
• Samuraj z Sawayama (poziom 127);
• Król demonów ujawniony (poziom 135);
• Oczy królowej (poziom 145).

Misje fabularne wykonujesz w rozpisanej powyżej kolejności. Nie masz nigdy dostępu do więcej niż jednej.