Akcja Divinity: Grzech Pierworodny II toczy się wiele setek lat po wydarzeniach, jakie ukazano w pierwszej części cyklu.

Biskup Alexandar ogłosił Source (źródło potężnej magii) domeną wyłącznie Boskiego Zakonu (Divine Order). Czarnoksiężnicy to teraz kryminaliści, a osoby choćby podejrzewane o posiadanie umiejętności opartych na Source są ścigane, pojmowane, a potem pozbawia się ich wszelkich mocy. Pozostają puste ciała, wyzute z emocji oraz wolnej woli.

Główny bohater produkcji także został pojmany przez Zakon i zmierza do więzienia. Na jego szyi spoczywa specjalna obroża ograniczająca jego umiejętności. Jej zadaniem jest utrzymywanie Source w ryzach, przynajmniej do momentu, kiedy przedstawiciele Zakonu nie będą gotowi by wydobyć potrzebną im energię. 

W wyniku dziwnych wydarzeń, statek, którym podróżujemy rozbija się, a główny bohater, wraz z grupą wielu innych postaci trafia do Fort Joy. Tam rozpoczyna się przygoda właściwa, podczas której przemierzamy pełne niebezpieczeństw lokacje, walczymy z napotkanymi przeciwnikami i staramy się przywrócić porządek na świecie.