Głównym bohaterem The Evil Within jest detektyw Sebastian Castellanos. Z pomocą współpracowników, Juli Kidman oraz Josepha Oda, rusza on do tajemniczego szpitala psychiatrycznego, Beacon Mental Hospital, aby zbadać tamtejsze masowe morderstwo. Po dotarciu na miejsce ogląda on na monitorze morderstwo dwóch innych policjantów, wykonane przez zakapturzonego szaleńca, kiedy nagle zostaje zaatakowany. Budzi się w dziwnym, wynaturzonym świecie Krimson City, które przeszło serię potężnych, niszczących trzęsień ziemi, które wywołały ruchy całych budynków. W rezultacie okolica jest całkowicie zniekształcona, wręcz nie do poznania.




W pewnym momencie przygody natrafiamy na lekarza nazwanego Marcelo Jimenez, który szuka swojego pacjenta, Leslie Withersa. Kiedy dwójka wreszcie go znajduje, natrafiają na Ruvika – mężczyznę, który na wspomnianym wcześniej ekranie monitora mordował policjantów. Ruvik zdaje się kontrolować otaczającą nas rzeczywistość. Potrafi się teleportować i przekształcać otoczenie. To właśnie on jest odpowiedzialny za uwięzienie detektywa Castellanosa w pochodzących z największych koszmarów lokacjach, stanowiących wizualizację umysłów różnych pacjentów tutejszego przybytku. Przemierzając poszczególne miejsca jesteśmy bezustannie narażeni na śmierć, a każde kolejne jest bardziej pokręcone od poprzedniego. Co ciekawe, detektyw Kidman, także podążająca za Leslie, tyle że z innych powodów, zdaje się być niepodatna na wpływy Ruvika.
 
Podczas podróży poznajemy powoli przeszłość Ruvika, którego prawdziwe imię to Ruben Victoriano. Był on uzdolnionym, ale niestabilnym mentalnie młodzieńcem, bardzo blisko zżytym ze swoją siostrą, Laurą. W trakcie gdy dwójka bawiła się w stodole, grupa ludzi zbliżyła się do budynku i podpaliła go, na znak zemsty wobec rodziców Rubena oraz Laury, którzy wykupowali okoliczne ziemie. Laura niestety nie przeżyła, a Ruben został bardzo ciężko ranny. Jego ojciec postanowił go ukryć w piwnicy rodzinnej posiadłości, był bowiem bardzo zniekształcony ze względu na ogień. Młodzieniec oczywiście nie był w stanie pogodzić się ze śmiercią siostry i finalnie zabił swoich rodziców, przejmując kontrolę nad ich fortuną. Pod przykrywką donacji wspierał on Beacon Mental Hospital w zamian za króliki doświadczalne (pacjentów) dla swoich eksperymentów.
 
Ruvik kontynuuje swoje eksperymenty, badając umysł człowieka, aż zostaje zdradzony przez doktora Jimeneza, będąc praktycznie u krańca podróży. Ich wspólny projekt STEM jest bliski ukończenia. Jest nim wyjątkowa maszyna, potrafiąca zjednoczyć wiele różnych umysłów w jeden, stanowiący źródło doznań dla każdego z osobna. Umysł Ruvika, podobnie, jak jego niegdysiejszych pacjentów, poddany został badaniu przez nieznaną organizację, dla której pracuje Jimenez. Organizacja porwała wielu mieszkańców Krimson City, aby sprawdzić STEM, łącząc każdego pacjenta ze światem Ruvika.
 
Doktor Jimenez, z pomocą Sebastiana, stara się wykorzystać Lesliego, aby powrócić do rzeczywistości. Leslie bowiem już wcześniej uciekł z pułapki umysłu Ruvika. Niestety wszyscy są uwięzieni, a w dodatku Ruvik próbuje przenieść swój umysł do innej osoby, a następnie uciec do świata rzeczywistego. W wyniku dalszych działań doktor Jimenez zostaje zaatakowany przez potężną bestię, stworzoną przez podświadomość Ruvika. Bestia zabija Jimeneza, a protagonista, detektyw Sebastian Castellanos, cudem ubija przeciwnika i łączy się z powrotem ze swoimi kompanami. Razem wyruszają do szpitala, ale ich podróż nie trwa zbyt długo. Zostają oni ponownie rozdzieleni przez Ruvika.
 
Julie znajduje Lesliego i próbuje go zabić, kiedy Castellanos ratuje go w ostatniej chwili. Julie wspomina o tym, że Leslie jest połączony z Ruvikiem i z tego powodu stanowi niemałe zagrożenie. Kidman zdaje się też wiedzieć bardzo dużo na temat STEM oraz rzeczywistości, w której wszyscy się znajdują.




Leslie prowadzi Castellanosa do szpitala gdzie, na szczycie latarni, widzi on samego siebie w wielkiej tubie, podłączonej do umysłu Ruvika. Ruvik łapie Lesliego i wciąga go do swojego umysłu, powodując jeszcze większy chaos w wirtualnym świecie gry. Główny bohater nie może być biernym i postanawia walczyć z Ruvikiem, którego umysł wytworzył gigantycznego potwora. Wreszcie detektyw wygrywa i budzi się w wannie. Wychodzi z maszyny, usuwa mózg Ruvika ze STEM i niszczy go. Ponownie budzi się w wannie, a obok niego stoi Kidman, monitorując pracę jego organizmu. Prosi ona Castellanosa aby był cicho. Ten ponownie przysypia, aż wreszcie budzi się – po raz trzeci – w tej samej wannie, tym razem nie ma w okolicy nikogo. Zauważamy jedynie innych pacjentów, w tym także doktora Jimeneza w stanie ciężkiego szoku.
 
Po chwili przybywają posiłki policyjne, Castellanos wychodzi natomiast ze szpitala i zauważa, jak Leslie wychodzi przez główną bramę. Protagonista zdaje się mieć chwilowy ból głowy, będący świadectwem wpływu Ruvika na pacjentów przebywających w STEM. Sprawia to, że tracimy z oczu Lesliego.
 
Gra daje nam do zrozumienia, że Ruvik dostał się do realnego świata poprzez Lesliego, a teraz jest on w stanie wpływać na wszystkich tych, którzy byli wcześniej z nim połączeni. Spróbuje on najpewniej zemścić się na organizacji oraz wszystkich, którzy go zdradzili. Zakończenie otwiera więc furtkę na potencjalną kontynuację.